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1、反相色譜柱

分別用甲醇：水=90：10，純甲醇（HPLC級），異丙醇（HPLC級），二氯甲烷（HPLC級）等溶劑作為流動相，依次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的色譜柱體積，然后再以相反的次序沖洗。

2、正相色譜柱

分別用正己烷（HPLC級），異丙醇（HPLC級），二氯甲烷（HPLC級），甲醇（HPLC級）等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的柱體積(異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高)。注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷，所有的流動相必須嚴格脫水。

3、離子交換色譜柱

長時間在緩沖溶液中使用和進樣，將導致色譜柱離子交換能力下降，用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。

另外，還可以選擇能溶解柱內污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復到新柱的水平的，如果柱子裝反了，可以調回來，但可能會造成柱內擔體塌陷，在不得已的情況下盡量不要反裝色譜柱。

一般來說，所有的清洗方法都有類似的形式。所用的溶劑都是隨溶劑強度增加，經常后一個溶劑是非常疏水的(如醋酸乙酯甚至是烴) 可以用來溶解非極性物質如脂質和油類。我們必須保證一系列溶劑中每個溶劑都能與下一個溶劑互混。清洗過程要結束時，必須借助一個中等強度能互混的溶劑而回到原始溶劑系統(tǒng)。例如，異丙醇是一個非常好的作為中間步驟的溶劑，因為它能與正己烷或二氯甲烷互溶又能與水相溶劑互溶。但是異丙醇粘度非常大，必須確保較低的流速以免使泵壓過高。當然，如果使用紫外檢測器的話，避免溶劑在紫外區(qū)域有吸收，要不然需使用大量的溶劑沖洗才能使基線平穩(wěn)。

對于典型的硅膠鍵合柱來說如果沒有緩沖溶液的話推薦使用以下溶劑系列：

　　100% 甲醇

　　100% 乙晴

　　75% 乙晴 - 25% 異丙醇

　　100% 異丙醇

　　100% 二氯甲烷

　　100% 正己烷

用二氯甲烷或正己烷以后，由于溶劑相容性柱子必須用異丙醇沖洗后才能用原來的水相溶劑。每種溶劑至少沖洗10個柱體積。如250mm×4.6mm HPLC分析柱，分析者可以用1～2 ml/min的流速來沖洗，要回復原來的溶劑體系，不需要每一步都沖洗，可以跳過中間步驟。中間步驟推薦使用異丙醇，然后用沒有緩沖的流動相，后回復起始流動相配置。4氫呋喃是另外一種比較受歡迎的去除污染的溶劑。如果使用者懷疑柱子被嚴重污染，可以二甲基亞砜(DMSO)或者二甲基甲酰銨和水按50：50的比例混合用低于0.5 ml/min的流速流過色譜柱。成功再生反相柱子是一個非常耗時間的過程，溶劑沖洗可以利用梯度系統(tǒng)過夜操作。