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核酸定量檢測試劑開發(fā)指南

嘉峪檢測網(wǎng)        2022-04-11 23:05

核酸的定量是分光光度計使用頻率最高的功能??梢远咳苡诰彌_液的寡核苷酸,單鏈、雙鏈DNA,以及RNA。核酸的最高吸收峰的吸收波長 260 nm。

每種核酸的分子構(gòu)成不一, 因此其換算系數(shù)不同。定量不同類型的核酸,事先要選擇對應(yīng)的系數(shù)。如:1OD 的吸光值分別相當于50μg / ml 的dsDNA,37μg / ml 的ssDNA, 40μg/ml的RNA,30μg/ml的寡核苷酸。測試后的吸光值經(jīng)過上述系數(shù)的換算, 從而得出相應(yīng)的樣品濃度。測試前,選擇正確的程序,輸入原液和稀釋液的體積,爾后測試空白液和樣品液。

然而,實驗并非一帆風順。讀數(shù)不穩(wěn)定可能是實驗者最頭痛的問題。靈敏度越高的儀器, 表現(xiàn)出的吸光值漂移越大。事實上,分光光度計的設(shè)計原理和工作原理,允許吸光值在一定范圍內(nèi)變化,即儀器有一定的準確度和精確度。另外, 還需考慮核酸本身物化性質(zhì)和溶解核酸的緩沖液的pH 值、離子濃度等。在測試時,離子濃度太高也會導致讀數(shù)漂移,因此建議使用pH 值一定、離子濃度較低的緩沖液(如TE)可大大穩(wěn)定讀數(shù)。

樣品的稀釋濃度同樣是不可忽視的因素:由于樣品中不可避免存在一些細小的顆粒,尤其是核酸樣品。這些小顆粒的存在干擾測試效果。為了最大程度減少顆粒對測試結(jié)果的影響,要求核酸吸光值至少大于0.1A ,吸光值最好在0.1-1.5 A。在此范圍內(nèi),顆粒的干擾相對較小,結(jié)果穩(wěn)定。從而意味著樣品的濃度不能過低,或者過高(超過光度計的測試范圍)。

最后是操作因素,如混合要充分,否則吸光值太低, 甚至出現(xiàn)負值;混合液不能存在氣泡,空白液無懸浮物,否則讀數(shù)漂移劇烈;必須使用相同的比色杯測試空白液和樣品,否則濃度差異太大;換算系數(shù)和樣品濃度單位選擇一致;不能采用窗口磨損的比色杯;樣品的體積必須達到比色杯要求的最小體積等多個操作事項。

除了核酸濃度,分光光度計同時顯示幾個非常重要的比值表示樣品的純度,如A260 / A280的比值, 用于評估樣品的純度, 因為蛋白的吸收峰是280 nm。純凈的樣品比值大于1.8(DNA)或者2.0(RNA)。如果比值低于1.8 或者2.0,表示存在蛋白質(zhì)或者酚類物質(zhì)的影響。A230表示樣品中存在一些污染物,如碳水化合物、多肽、苯酚等,較純凈的核酸A260/A230的比值大于2.0 。A320檢測溶液的混濁度和其他干擾因子。純樣品的A320一般是 0。

 

各波長具體含義及相關(guān)問題

 

1.A260nm是核酸最高吸收峰的吸收波長,最佳測量值的范圍為0.1至1.0。如果不在此范圍,稀釋或濃縮樣品,使之在此范圍內(nèi);如果吸光度小于0.05,檢查是否存在操作因素(如移液不準確,樣品內(nèi)有懸浮物等)影響。

朗伯-比爾定律:

A 吸光值

I0 入射光強度

I 投射光強度

c 吸光物質(zhì)的摩爾濃度(mol/L)

d 光通過的液層厚度(cm)

ε 摩爾吸光系數(shù)(Lmol-1cm-1)

2.A280nm是蛋白和酚類物質(zhì)最高吸收峰的吸收波長,比值可進行核酸樣品純度評估:純DNA的A260/A280比值為1.8,純RNA為2.0。如果比值低,表示受到蛋白(芳香族)或酚類物質(zhì)的污染,需要純化樣品。比值=1.5相當于50%蛋白質(zhì)/DNA溶液

3.A230nm是碳水化合物最高吸收峰的吸收波長,比值可進行核酸樣品純度評估:純DNA和 RNA的A260/A230比值為2.5。若比值小于2.0標明樣品被碳水化合物(糖類)、鹽類或有機溶劑污染,需要純化樣品。

4.A320nm或A340nm為檢測溶液樣品的濁度,該值應(yīng)該接近0.0。如果不是,標明溶液中有懸浮物,需要純化樣品。

5.核酸的吸光值受pH值和緩沖液離子濃度影響。只有在一定的pH值和低離子濃度的條件下(如10 mM Tris-HCl pH 8.0),才能得到精確的檢測結(jié)果。水的pH值不穩(wěn)定,可能導致檢測誤差。一些緩沖液在紫外范圍內(nèi)存在自身吸收,為了確保準確測量,請使用與懸浮或洗脫樣品時相同的緩沖液。

6.在DNA樣品的測定中,一些平行測定的樣品會表現(xiàn)出測定濃度的變化,其可能原因為:①DNA樣品的A260 吸光度值是否>0.1。(請注意,這個值跟儀器無關(guān),核酸的吸光度必需大于0.1,其值才有效和可靠,因為樣品中的雜質(zhì)和顆粒這些不純物的干擾通常會對光有一定吸收,其值<0.1);②待測樣品是否經(jīng)過了充分的混勻,這樣才能保證測定值的均一;③待測樣品中有相當含量的雜質(zhì)。A260/A280和A260/A230是DNA純度的指示值,純度好的DNA,在pH7-8.5 下其比值應(yīng)該在2.0 或2.5,A230是多肽、芳香基團、苯酚和一些碳氫化合物的吸光度,A280是蛋白質(zhì)的吸光度。

7.A230產(chǎn)生負值主要是由于在很低DNA 濃度的溶液中的一些其他成分的干擾所導致的。在下一個測定中,需要降低樣品的稀釋度,A230的負值會被校正。同時需要注意的是A260 的讀數(shù)也必需大于0.1 才能保證可靠的結(jié)果。

 
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來源:Internet

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