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遺傳性耳聾相關(guān)基因突變檢測試劑的注冊現(xiàn)狀及臨床試驗設(shè)計的關(guān)注點

嘉峪檢測網(wǎng)        2024-04-23 09:17

2021年3月,世界衛(wèi)生組織發(fā)布了首份《世界聽力報告》[1],聽力損失影響全球超過15億人,約占全球人數(shù)的五分之一。目前我國有聽力語言障礙的殘疾人2057萬,耳聾在新生兒中的發(fā)病率為1‰~3.47‰,遺傳因素致聾比例達50%~60%[2,3]。60%的重度耳聾與遺傳有關(guān),另外40%可能與環(huán)境因素有關(guān)。在遺傳性耳聾中,根據(jù)是否伴有多個系統(tǒng)病變又分為綜合征型耳聾與非綜合征型耳聾。遺傳性耳聾的遺傳方式主要有四種,常染色體顯性遺傳(15%~20%)、常染色體隱性遺傳(約80%)、性連鎖(1%)及線粒體遺傳性耳聾(1%)[3]。遺傳性耳聾具有較強的基因異質(zhì)性。中國人群中最常見的致聾基因有GJB2、SLC26A4,其中GJB2基因235delC突變是中國耳聾患者中發(fā)生頻率最高的突變形式,有18.26%的耳聾患者攜帶此突變;其次是SLC26A4基因c.919-2A>G突變是中國大前庭水管患者群的熱點突變,15.23%的耳聾患者攜帶此突變,74.8%的大前庭水管患者攜帶此突變[4-6]。

 

1. 國內(nèi)相關(guān)產(chǎn)品的注冊情況

采用分子生物學(xué)方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因突變對于耳聾患者的遺傳學(xué)診斷以及早期干預(yù)和治療至關(guān)重要[7-9]。隨著耳聾相關(guān)基因的研究進展以及檢測技術(shù)的發(fā)展,申報產(chǎn)品從最初的單個基因單突變位點檢測逐漸到多基因多突變位點的檢測。申報產(chǎn)品所采用的方法學(xué)多種多樣,如熒光PCR方法、熒光PCR熔解曲線法、PCR-反向點雜交法,以及微陣列芯片法、聯(lián)合探針錨定聚合測序法、飛行時間質(zhì)譜法等。

截至2023年6月,已批準(zhǔn)的遺傳性耳聾相關(guān)基因檢測試劑共11個,檢測的基因位點已覆蓋四個基因的20余個突變位點(表1),樣本類型包括靜脈全血和干血斑。目前所批準(zhǔn)的檢測試劑的預(yù)期用途均為“用于遺傳性耳聾的輔助診斷”。

近年來遺傳性耳聾相關(guān)基因的檢測產(chǎn)品所申報的突變位點逐漸增多,后續(xù)還會有更多的涉及新位點檢測產(chǎn)品的申報。對于境內(nèi)未有已批準(zhǔn)同類產(chǎn)品的新基因變異的臨床證據(jù)應(yīng)如何認(rèn)可,是此類產(chǎn)品技術(shù)審評中的疑難問題之一。另外我國已批準(zhǔn)的遺傳性耳聾相關(guān)基因的檢測產(chǎn)品的預(yù)期用途均為遺傳性耳聾的輔助診斷。針對新生兒耳聾基因篩查,臨床上陸續(xù)有《遺傳性耳聾基因變異篩查技術(shù)專家共識》[4]《遺傳性耳聾篩查規(guī)范》[2]對外發(fā)布,全國較多城市啟動新生兒遺傳性耳聾基因篩查。在臨床上針對新生兒進行聽力與耳聾基因的聯(lián)合篩查,可作為常規(guī)物理聽力篩查的補充,特別是可發(fā)現(xiàn)常規(guī)物理聽力篩查無法檢出的藥物性致聾基因攜帶者和遲發(fā)性耳聾基因攜帶者,從而進行早期干預(yù)和指導(dǎo)等[10-14]。目前已有申報新生兒篩查用途的檢測試劑已完成臨床試驗并進入注冊申報。

 

2. 臨床試驗設(shè)計的關(guān)注點

針對此類試劑的注冊現(xiàn)狀以及申請人在注冊申報中所面臨的難點,國家藥品監(jiān)督管理局醫(yī)療器械技術(shù)審評中心在2020年啟動了指導(dǎo)原則的編寫工作,經(jīng)過企業(yè)調(diào)研、邀請行業(yè)內(nèi)權(quán)威專家的研討、征求生產(chǎn)企業(yè)的意見等流程,于2021年該指導(dǎo)原則已對外發(fā)布,旨在給申請人在注冊申報過程中提供技術(shù)指導(dǎo)[15]。以下針對指導(dǎo)原則中對該類試劑在臨床試驗開展過程中應(yīng)重點關(guān)注的問題逐一進行闡述。

2.1 預(yù)期用途的聲稱

目前,遺傳性耳聾相關(guān)基因突變檢測在遺傳性耳聾的輔助診斷以及新生兒遺傳性耳聾基因突變篩查等領(lǐng)域有重要意義。例如通過對具有耳聾癥狀和/或體征的人群,以及其他需要進行耳聾基因突變檢測的人群,如有耳聾家族史的人群等進行耳聾基因突變的檢測可用于遺傳性耳聾的輔助診斷;對新生兒進行遺傳性耳聾基因突變篩查,可作為常規(guī)物理聽力篩查的補充,特別是可發(fā)現(xiàn)常規(guī)物理聽力篩查無法檢出的藥物性致聾基因攜帶者和遲發(fā)性耳聾基因攜帶者,從而進行早期干預(yù)和指導(dǎo)等。新生兒耳聾基因篩查聯(lián)合聽力篩查,可以有效提前遺傳性耳聾患兒的干預(yù)時間。新生兒遺傳性耳聾基因突變篩查用途的應(yīng)用應(yīng)符合國家及地方衛(wèi)生管理部門的相關(guān)規(guī)定。申請人應(yīng)根據(jù)申報產(chǎn)品所聲稱的預(yù)期用途,分別設(shè)計臨床試驗進行驗證。應(yīng)重點關(guān)注不同的預(yù)期用途,入組人群應(yīng)不同,臨床試驗設(shè)計亦不同。以下針對上述的兩個預(yù)期用途的臨床試驗設(shè)計做重點闡述。

2.2 臨床試驗入組人群

對于預(yù)期用途為遺傳性耳聾的輔助診斷的檢測試劑,入組人群應(yīng)為具有耳聾癥狀和/或體征人群以及有耳聾家族史的人群。臨床試驗中不建議入組健康體檢人群或孕前檢查人群等,不正確的入組人群會導(dǎo)致入組人群的偏倚,無法正確地評價試驗體外診斷試劑的臨床性能。

對于預(yù)期用途為新生兒遺傳性耳聾基因突變的篩查的檢測試劑,入組人群則應(yīng)為新生兒。臨床設(shè)計應(yīng)采用前瞻性入組病例的形式開展臨床試驗。

2.3 臨床試驗機構(gòu)的選擇

遺傳性耳聾相關(guān)基因突變檢測試劑屬于體外診斷試劑三類產(chǎn)品,按照法規(guī)要求,應(yīng)選擇至少三家經(jīng)醫(yī)療器械臨床試驗備案的臨床試驗機構(gòu)開展臨床試驗[16]。

對于開展新生兒耳聾基因篩查臨床試驗的臨床機構(gòu),臨床試驗機構(gòu)具有相關(guān)資質(zhì),應(yīng)是各地衛(wèi)生健康部門指定的進行新生兒耳聾基因篩查的臨床機構(gòu)。建議選擇不同地區(qū)的臨床試驗機構(gòu)開展臨床試驗,且臨床試驗機構(gòu)應(yīng)具有遺傳性耳聾的診療能力、常規(guī)開展遺傳性耳聾相關(guān)基因的檢測。操作人員應(yīng)經(jīng)過相應(yīng)的培訓(xùn),并能熟練操作實驗。

2.4 臨床試驗設(shè)計

臨床試驗設(shè)計與申報產(chǎn)品所聲稱的預(yù)期用途息息相關(guān),預(yù)期用途不同,所采用的臨床試驗設(shè)計亦應(yīng)不同。以下分別針對預(yù)期用途為“遺傳性耳聾輔助診斷”“新生兒耳聾基因篩查”的檢測試劑的臨床試驗設(shè)計進行詳細(xì)闡述。

2.4.1預(yù)期用途為“遺傳性耳聾輔助診斷”

對于有同類產(chǎn)品的申報產(chǎn)品,臨床試驗中可選擇與已上市同類產(chǎn)品進行比較研究的方式。選擇已上市同類產(chǎn)品作為對比試劑時應(yīng)充分考慮其預(yù)期用途、方法學(xué)、樣本類型、所檢測的基因位點、分析性能等方面應(yīng)與申報產(chǎn)品具有良好的可比性。而對于尚無同類產(chǎn)品的申報產(chǎn)品,臨床試驗中應(yīng)選擇參考方法(如一代測序法)進行比較研究。此部分臨床試驗可以回顧性富集入組臨床樣本,但不應(yīng)入組臨床試驗機構(gòu)留存的核酸。

對于申報產(chǎn)品中包含新基因位點的產(chǎn)品,除了與參考方法進行比較研究外,還應(yīng)針對新位點的臨床意義提供臨床證據(jù)。如新突變位點的臨床意義已獲行業(yè)認(rèn)可(如:國內(nèi)相關(guān)指南或?qū)<夜沧R),且上述認(rèn)可基于充分的中國人群的臨床研究數(shù)據(jù),提交相關(guān)的指南或?qū)<夜沧R即可。

如新突變位點未獲行業(yè)認(rèn)可,申請人首先應(yīng)提供該基因新突變位點與耳聾表型相關(guān)的遺傳學(xué)證據(jù),包括但不限于:耳聾患者和正常人群的等位基因突變頻率、耳聾患者家系共分離、生物信息學(xué)分析、權(quán)威數(shù)據(jù)庫的信息等基于中國人群的充分的研究數(shù)據(jù),對基因突變和表型的關(guān)系進行評估,新突變位點應(yīng)具有明確致病性。申請人應(yīng)注意,針對新突變位點的家系研究,應(yīng)符合該突變位點家系內(nèi)基因型與聽力表型共分離,并不要求在臨床試驗中開展該研究,可以是發(fā)表的文獻、研究成果等[17]。臨床試驗中也應(yīng)納入新突變位點陽性的病例,應(yīng)分析基因型與臨床表型的相關(guān)性,可通過隨訪或其他臨床驗證資料來證明。建議同時對所檢出攜帶新突變位點的耳聾患者進行家系分析。

2.4.2預(yù)期用途為“新生兒耳聾基因篩查” 

針對此預(yù)期用途的臨床試驗應(yīng)包括兩部分,篩查用途的確認(rèn)和臨床檢測準(zhǔn)確性的評價。

篩查用途的確認(rèn)應(yīng)前瞻性入組新生兒,申報試劑對所有入組受試者進行檢測,病例基因變異狀態(tài)采用臨床參考標(biāo)準(zhǔn)(如:一代測序法)進行確認(rèn),評價申報試劑的臨床性能。對于聽力篩查異常的新生兒,應(yīng)進行進一步的聽力檢查以確認(rèn)其聽力狀態(tài)以及基因突變狀態(tài)以避免申報試劑的假陰性。同時對先天性耳聾的新生兒應(yīng)提供病例的臨床診斷結(jié)果,臨床診斷結(jié)果應(yīng)有充分的依據(jù),如采用現(xiàn)有條件下公認(rèn)的、可靠的、權(quán)威的疾病診斷標(biāo)準(zhǔn),疾病診療指南中明確的疾病診斷方法,行業(yè)內(nèi)的專家共識等。對于申報產(chǎn)品檢測出的遺傳性耳聾相關(guān)基因純合突變或復(fù)合雜合突變的新生兒,應(yīng)通過隨訪最終確認(rèn)該患兒的聽力狀態(tài),以避免申報產(chǎn)品檢測的假陽性。

對于臨床檢測性能的評價,申請人還應(yīng)同時選擇已批準(zhǔn)上市、臨床普遍認(rèn)為質(zhì)量較好的同類產(chǎn)品或參考方法作為對比試劑,與申報試劑進行一定例數(shù)的比較研究試驗,以評價申報試劑的臨床準(zhǔn)確性。此部分驗證位點應(yīng)涵蓋申報產(chǎn)品的所有突變位點。此部分研究可使用部分已確診(回顧性)的陽性病例進行研究。應(yīng)在試驗方案和報告中對病例選擇的方式和原因進行明確的說明。

應(yīng)注意,申請新生兒遺傳性耳聾基因篩查預(yù)期用途的申報產(chǎn)品,其檢測的基因及突變位點,均應(yīng)為已得到行業(yè)內(nèi)公認(rèn)的、與遺傳性耳聾具有明確致病性關(guān)系的基因位點。并且對于篩查試劑,應(yīng)結(jié)合基因突變位點在中國人群的攜帶頻率考慮篩查的衛(wèi)生經(jīng)濟學(xué)考慮,不建議將攜帶頻率較低的突變位點納入新生兒篩查的檢測試劑的檢測范圍內(nèi)。

2.5 臨床試驗樣本量

適宜的樣本量是保證臨床試驗?zāi)軌虺浞衷u價試驗體外診斷試劑的關(guān)鍵性因素。建議采用單組目標(biāo)值法進行樣本量的估算,應(yīng)根據(jù)陽性符合率、陰性符合率分別進行最低陽性樣本量及陰性樣本量的估算。對于常見的基因位點,總陽性樣本量、總陰性樣本量應(yīng)滿足上述最低樣本量的要求。同時對于臨床中較為常見的純合突變,如GJB2的c.235delC、SLC26A4的c.919-2A>G能夠,臨床試驗中應(yīng)納入一定例數(shù)。

對于在中國人群中攜帶率較低、臨床中較為罕見的突變位點,為了能夠在一定程度上評價試驗體外診斷試劑對于此類突變位點的臨床檢測性能,臨床試驗中也應(yīng)納入一定的例數(shù),每種突變位點不少于5例。按照衛(wèi)健委2019年發(fā)布的《罕見病診療指南》[18],遺傳性耳聾相關(guān)基因突變所導(dǎo)致的非綜合征性耳聾屬于罕見病,因此按照國家藥品監(jiān)督管理局發(fā)布的《用于罕見病防治醫(yī)療器械注冊審查指導(dǎo)原則》[19]的相關(guān)規(guī)定,此類檢測試劑可以附條件上市,對于在臨床試驗中納入病例較少的罕見位點,申請人可以上市后進一步完成相關(guān)臨床驗證工作。

對預(yù)期用途為新生兒耳聾基因篩查的申報試劑,根據(jù)臨床發(fā)病率、臨床診治情況及其他因素綜合考慮,通過統(tǒng)計學(xué)方法估算最低陽性樣本量以及總樣本量。對于我國相對常見的遺傳性耳聾突變位點,如GJB2的c.235delC、c.299_300delAT、c.176-191del16,SLC26A4的c.919-2A>G、c.2168A>G、線粒體DNA 12S rRNA的m.1555A>G突變等,應(yīng)通過前瞻性臨床試驗檢出突變病例,總例數(shù)應(yīng)滿足統(tǒng)計學(xué)要求;其他人群突變率相對更低的突變位點也應(yīng)盡可能在前瞻性臨床試驗中檢出。

2.6 樣本類型

一般來說,用于遺傳性耳聾的輔助診斷,一般為抗凝外周血樣本類型;用于新生兒耳聾基因篩查的一般為干血斑樣本類型。對于同時聲稱抗凝外周血和干血斑兩種樣本類型的申報試劑,鑒于兩種樣本類型在樣本基質(zhì)、核酸總量等方面存在較大差異,在臨床試驗中應(yīng)分別估算樣本量,分別進行臨床評價。新生兒干血斑樣本的采集應(yīng)符合衛(wèi)健委發(fā)布的《新生兒疾病篩查技術(shù)規(guī)范》的相關(guān)要求。

2.7統(tǒng)計分析

以四格表分別總結(jié)申報試劑與對比試劑/方法的定性檢測結(jié)果,計算陽性符合率、陰性符合率、總符合率及其相應(yīng)的95%置信區(qū)間。除總體統(tǒng)計外,還要針對每一個突變位點進行統(tǒng)計分析,同時純合突變以及雜合突變(或均質(zhì)突變和異質(zhì)突變)應(yīng)分別進行統(tǒng)計分析,以評價申報試劑與對比試劑/方法檢測結(jié)果的一致性。

對于與對比試劑/方法檢測不一致的樣本,應(yīng)結(jié)合臨床診斷背景信息、第三方檢測試劑等綜合進行分析。

 

3. 小結(jié)

隨著遺傳性耳聾基因相關(guān)研究的深入,越來越多的新基因和新位點被發(fā)現(xiàn)并被用于遺傳性耳聾的檢測。申請人在設(shè)計開發(fā)產(chǎn)品時,應(yīng)注意作為應(yīng)用于臨床的體外診斷試劑,并非檢測試劑所包括的基因及位點越多越好,而是應(yīng)關(guān)注納入的基因位點是否有充分的遺傳學(xué)證據(jù)的支持。尤其在應(yīng)用于新生兒耳聾基因的篩查中,應(yīng)考慮社會經(jīng)濟學(xué)因素,嚴(yán)格按照衛(wèi)健委相關(guān)部門的政策執(zhí)行。

 

參考文獻

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【文章來源】中國醫(yī)療器械信息 審評與監(jiān)管

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