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PCR實(shí)驗(yàn)的常見(jiàn)問(wèn)題及解決方案

嘉峪檢測(cè)網(wǎng)        2024-11-02 09:12

一、PCR實(shí)驗(yàn)概述

 

PCR,即多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),是一種簡(jiǎn)單便捷且高效的DNA擴(kuò)增技術(shù)。在PCR實(shí)驗(yàn)中,往往會(huì)出現(xiàn)一些異常問(wèn)題,以下對(duì)常見(jiàn)的一些問(wèn)題進(jìn)行了分析,并給出了解決方案,希望對(duì)大家有所幫助。

 

二、常見(jiàn)問(wèn)題及解決方案

 

1、假陽(yáng)性

 

原因:可能是引物特異性不好/靶序列太短或引物太短或者靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物出現(xiàn)交叉污染。

 

方案:

 

(1)引物設(shè)計(jì)完成以后,應(yīng)對(duì)其進(jìn)行BLAST檢測(cè)。如果與其它基因不具有互補(bǔ)性,就可以進(jìn)行下一步的實(shí)驗(yàn);

 

(2)除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒;

 

(3)操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣槍內(nèi)或?yàn)R出離心管外;

 

(4)各種試劑最好先進(jìn)行分裝,然后低溫貯存。

 

2、假陰性,不出現(xiàn)擴(kuò)增條帶

 

 

原因:引物設(shè)計(jì)有問(wèn)題或者引物濃度不對(duì)或引物發(fā)生降解;模板含有抑制物,含量;Buffer對(duì)樣品不合適;反應(yīng)條件:退火溫度太高,延伸時(shí)間太短。

 

方案:

 

(1)引物引物的濃度不僅要看OD值,更要注重引物原液做瓊脂糖凝膠電泳,一定要有引物條帶出現(xiàn),而且兩引物帶的亮度應(yīng)大體一致;

 

(2)純化模板或者使用試劑盒提取模板DNA或加大模板的用量;

 

(3)更換Buffer或調(diào)整濃度;

 

(4)重新設(shè)計(jì)引物(避免鏈間二聚體和鏈內(nèi)二級(jí)結(jié)構(gòu))或者換一管新引物;

 

(5)降低退火溫度、延長(zhǎng)延伸時(shí)間。

 

3、非特異性擴(kuò)增帶 

 

 

原因:引物與靶序列不完全互補(bǔ),引物有二聚體;退火溫度過(guò)低,PCR循環(huán)次數(shù)過(guò)多;模板或引物濃度過(guò)高;Mg2+濃度偏高。

 

方案:

 

(1)降低引物量,適當(dāng)增加模板量,減少循環(huán)次數(shù);

 

(2)降低鎂離子濃度;

 

(3)適當(dāng)提高退火溫度或使用二階段溫度法;

 

(4)減少循環(huán)次數(shù)。

 

4、拖尾—產(chǎn)物在凝膠上呈Smear狀態(tài)

 

 

 

原因:模板不純;Buffer不合適;退火溫度偏低;dNTP、Mg 2+濃度偏高;循環(huán)次數(shù)過(guò)多。

 

方案:

 

(1)純化模板;

 

(2)更換Buffer;

 

(3)適當(dāng)提高退火溫度;

 

(4)適當(dāng)降低dNTP和鎂離子的濃度;

 

(5)減少循環(huán)次數(shù)。

 

5、帶大小與預(yù)期理論值不一致

 

原因:污染問(wèn)題;模板或引物使用不當(dāng);基因的不同亞型。

 

方案:

 

(1)實(shí)驗(yàn)中的污染可能會(huì)干擾PCR產(chǎn)物的大小。為了避免這種情況,應(yīng)使用全新的試劑和槍頭,并徹底清潔實(shí)驗(yàn)工作臺(tái),確保實(shí)驗(yàn)環(huán)境的潔凈;

 

(2)重新選擇并使用正確的引物和模板DNA;

 

(3)遺傳多樣性可能導(dǎo)致目標(biāo)基因存在不同的亞型,這些亞型在序列上的差異可能會(huì)影響PCR產(chǎn)物的大小。對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行詳細(xì)的序列分析和使用BLAST等生物信息學(xué)工具進(jìn)行相似性搜索,可以幫助識(shí)別并考慮這些基因亞型的影響。

 

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來(lái)源:實(shí)驗(yàn)老司機(jī)

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