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DNA凝膠回收操作步驟和常見問題分析

嘉峪檢測網        2025-01-20 08:42

一、實驗原理

PCR擴增產物經過瓊脂糖凝膠電泳后,按分子量大小被分開,排列在凝膠中,跟DNAMarker分子量的對比下,找到目的DNA帶所在的凝膠,并把它切下來,加熱或用特殊的試劑熔解凝膠,使DNA溶回到溶液中,再經過乙醇沉淀或過柱即可獲得目的DNA片段。

 

二、實驗器材與試劑

器材:

紫外檢測儀、電子天平,恒溫水浴鍋,臺式離心機,快速混勻器,冰箱,滅菌鍋、微量移液取樣器,移液器吸頭,1.5mL微量離心管,雙面微量離心管架,水漂,刀片,一次性手套等。實驗前把1.5mL微量離心管裝入鋁制飯盒高溫滅菌、移液器吸頭裝入相應的吸頭盒高溫滅菌。

 

試劑:

DNA分子量標準(DNA Marker-D:2000bp,1000bp,750bp,500bp,250bp,100bp)。DNA快速純化/回收試劑盒(BS363 EZ Spin Column PCR Product Purification ,100次)(500bp以上片段,回收率90%以上),無水乙醇。

 

 

三、實驗操作步驟

1.將PCR反應的混合物轉移到一個1.5mL的微量離心管中,加入3倍體積的Binding Buffer Ⅰ。

2.將column放入一個2mL的收集管中,轉移上一步的混合液到column中,在室溫下豎直放置2min,8000rpm離心1min。

3.棄去流入收集管中的液體,加500μL Wash Solution到column中,12000rpm離心1min。棄去收集管中的液體,將column放回原來的收集管中。

4.再加500μL Wash Solution到column中,12000rpm離心1min。棄去收集管中的液體,再次離心去除殘留的Wash Solution。

5.將column轉移到一個干凈的1.5mL微量離心管中。在column中的膜的中央部分加30~50μL Elution Buffer,50℃溫浴2min。12000rpm離心1分鐘。將PCR產物置于-20℃冷凍保存或即刻使用。

(其中,實驗操作步驟中所使用的為生工公司的SanPrep 柱式 DNA 膠回收試劑盒Order NO. B518131)

 

四、常見問題

1、目的產物回收率低:

紫外下切膠過慢,核酸長時間暴露在紫外線下,結構等可能發(fā)生變化,從而失去功能,電泳使所用的電泳緩沖液長時間未更換,pH發(fā)生變化,影響DNA吸附。

 

2、洗脫效率低:

溶液轉移至吸附柱加入洗滌緩沖液離心兩次后,需要將裝有純化柱的管蓋打開,使殘留的乙醇揮發(fā)以提高得率,最后向純化柱加入洗脫緩沖液,必須確保緩沖液直接滴在膜上。

 

3、瓊脂糖凝膠未完全融化:

55℃水浴溶膠時,多次上下顛倒使凝膠充分熔化混勻,確保無固體瓊脂糖殘留,膠融化后,一般情況下,將呈現下圖淡黃色或幾乎無色,而若存在部分影響因素會使得溶液pH發(fā)生變化,溶液顏色也可能發(fā)生改變,如膠塊過大使得pH偏高,那么就需要額外添加溶膠液至溶液顏色恢復正常。

 

4、凝膠切塊過大:

盡可能切除不含目的片段的瓊脂糖,得到的凝膠體積越小越好(圖示左側為合適大小的膠塊,右側為體積過大的膠塊)

 

5、外源DNA污染:

要盡可能確保清潔環(huán)境下進行操作以減少外源DNA的污染。

 

五、注意事項

1.使用試劑盒時,要細致觀察使用條件,例如漂洗液中是否加入一定體積的無水乙醇,體積數目根據試劑盒試劑要求而定等。

2.核酸染料的使用存在安全問題,要注意防護。

 

 

 

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來源:實驗老司機

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