圖：researchgate
qPCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果的呈現(xiàn)通常采用柱狀圖的形式，一張典型的qPCR實(shí)驗(yàn)柱狀圖通常包括5個(gè)元素：X軸、Y軸、柱子、誤差線、顯著性標(biāo)記。
如何閱讀，有什么注意事項(xiàng)，今天的文章簡(jiǎn)要講講。
1 如何閱讀
先看X軸信息，這里的分組代表了不同的實(shí)驗(yàn)組別，常見的分組有：對(duì)照組vs實(shí)驗(yàn)組，或者不同基因、不同時(shí)間、不同樣本來(lái)源的分組。
圖：PLOS
再看Y軸，Y軸代表基因的表達(dá)量。
如果X軸有對(duì)照組，那Y軸就代表該基因的相對(duì)表達(dá)量。對(duì)照組的存在，說(shuō)明這個(gè)qPCR實(shí)驗(yàn)采用了相對(duì)定量的分析方法，所以他的數(shù)據(jù)是歸一化后的比值。
對(duì)照組所對(duì)應(yīng)的Y軸數(shù)值通常為1或者100%（下圖），因?yàn)樗潜蛔鳛閰⒄瘴锏模瑢?shí)驗(yàn)組>1，代表實(shí)驗(yàn)組的基因表達(dá)提高了，反之亦然。
圖：GitHub
看完X和Y軸，就可以看柱子了。每個(gè)實(shí)驗(yàn)組對(duì)應(yīng)一個(gè)柱子，柱子的高度就是基因的相對(duì)表達(dá)量。這個(gè)柱子的高度來(lái)自該實(shí)驗(yàn)組的多次實(shí)驗(yàn)的平均值。
每次實(shí)驗(yàn)得到的數(shù)字幾乎不可能都一樣，所以我們需要知道操作者每次實(shí)驗(yàn)的結(jié)果偏差有多大。偏差越大，代表這個(gè)實(shí)驗(yàn)每一次的結(jié)果越不穩(wěn)定，它所得出的結(jié)論也越可疑。
如何用直觀的符號(hào)表示這種批次的差異？用誤差線，見下圖紅色框所示。
圖：researchgate
每一根柱子上方延伸的豎線，代表該組數(shù)據(jù)的離散程度。誤差線長(zhǎng)度越長(zhǎng)，說(shuō)明該組數(shù)據(jù)內(nèi)的數(shù)值大小的波動(dòng)范圍越大。
最后就是看顯著性標(biāo)記。它通常出現(xiàn)在兩個(gè)柱子之間，用一條橫線+星號(hào)（*）表示。它代表的是統(tǒng)計(jì)學(xué)上的差異，有4種統(tǒng)計(jì)學(xué)差異：*、**、***和ns。分別代表：
前3個(gè)都代表兩組數(shù)據(jù)之間有顯著差異，這種差異不是由偶然因素造成的，具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。ns則說(shuō)明盡管兩組數(shù)據(jù)有差異，但差異不明顯，兩者間的差異可能是由于誤差、樣本本身的特異性造成的。
2 注意事項(xiàng)
讀柱狀圖時(shí)，除了上述5個(gè)基本上要素以外，還需要注意幾個(gè)細(xì)節(jié)。以下我們講講注意事項(xiàng)。
a 圖表的說(shuō)明文字（柱狀圖下方），會(huì)標(biāo)注誤差線所代表的含義以及實(shí)驗(yàn)重復(fù)次數(shù)。
如果誤差線所代表的是SEM，說(shuō)明這個(gè)柱子的誤差線大小代表的是標(biāo)準(zhǔn)誤差，如果是SD，則代表是標(biāo)準(zhǔn)差，它們之間的關(guān)系見下圖公式。
兩者的關(guān)系解釋起來(lái)會(huì)比較抽象，大家在這里可以簡(jiǎn)單的去認(rèn)為：當(dāng)實(shí)驗(yàn)樣本越多，SEM越能反映數(shù)據(jù)的真實(shí)離散程度，但相應(yīng)的，實(shí)驗(yàn)成本也會(huì)越高。大多數(shù)實(shí)驗(yàn)論文會(huì)取一個(gè)平衡——也就是“經(jīng)費(fèi)在燃燒，差不多得了”。
上圖，提示它的實(shí)驗(yàn)重復(fù)了5次，這5次是生物學(xué)重復(fù)，而非實(shí)驗(yàn)技術(shù)重復(fù)。這一點(diǎn)很重要，如果你只是拿了同樣的一份樣本，重復(fù)測(cè)了5次，那這組數(shù)據(jù)不能反映出個(gè)體差異，不能用于計(jì)算差異性。
b 注意Y軸的單位，看清楚它是線性尺度和還是對(duì)數(shù)尺度，后者會(huì)壓縮柱子間的高低差異。
如果實(shí)驗(yàn)結(jié)果里有個(gè)別的柱子的數(shù)據(jù)差異特別大，作者就可能會(huì)采用對(duì)數(shù)尺度來(lái)顯示Y軸數(shù)據(jù)，這樣讓整個(gè)圖的每個(gè)柱子的高度看起來(lái)不會(huì)那么差異巨大——顯得比較美觀。
像上圖采用Log2的數(shù)值尺度，Y軸的3就相當(dāng)于8倍的差異了。
最后，總結(jié)一下今天的內(nèi)容：看柱狀圖，先看X軸和Y軸，了解清楚實(shí)驗(yàn)分組和數(shù)據(jù)所代表的含義，然后看誤差線，判斷數(shù)據(jù)可靠性如何，最后看星號(hào)，分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果所代表的含義。
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