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PCR ARRAY介紹
PCR ARRAY又稱PCR芯片，運用高通量熒光定量PCR方法，在一張96孔或384孔板上同時對某個信號通路或疾病相關(guān)基因的表達量變化進行檢測，芯片上的基因包括了與研究對象有確定關(guān)系的基因或者待考證的基因；目前啟因生物針對不同的信號通路和疾病相關(guān)基因設(shè)計了150多款功能分類PCR芯片，涵蓋生命科學(xué)研究的各個領(lǐng)域。
人腫瘤lncRNA PCR芯片介紹
啟因生物的人腫瘤lncRNA PCR ARRAY含有84個人腫瘤lncRNA 相關(guān)基因，包括：乳腺癌，肺癌，卵巢癌，神經(jīng)母細(xì)胞瘤，黑色素瘤，膽囊癌等數(shù)十種腫瘤或癌癥類型。
產(chǎn)品說明
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產(chǎn)品名稱 |
人腫瘤lncRNA PCR芯片 |
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英文名稱 |
Human Glucose Metabolism PCR Array |
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貨 號 |
sp-TWCPAHM-0011 |
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基因數(shù)目 |
84個 |
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基因名稱 |
見基因列表 |
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檢測費用 |
800元/樣(活動價） |
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樣本類型 |
細(xì)胞，組織等 |
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項目周期 |
2周（不含節(jié)假日） |
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實驗結(jié)果 |
原始數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)分析 |
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技術(shù)原理 |
*相對定量，SYBR Green法 |
*相對定量：用于測定一個測試樣本中目標(biāo)基因與校正樣本中同一基因表達的相對變化。校正樣本可以是一個未經(jīng)處理的對照或者是在一個實驗研究中處于零時的樣本。
服務(wù)特點
1. 只需提供樣品
2. 數(shù)據(jù)分析多樣性選擇
3. 中低通量，一次性檢測多個相關(guān)基因的表達水平
4. 周期短
5. 結(jié)果不需要qPCR驗證
服務(wù)流程
1. 確定實驗方案，簽合同
2. 樣品寄出（-80℃順豐寄出）
3. 收樣后進行質(zhì)控
4. 質(zhì)控過關(guān)，上機檢測
5. 數(shù)據(jù)分析
樣品預(yù)處理方法
為了避免樣品中RNA降解，需對樣品進行預(yù)處理。
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樣品類型 |
處理方法 |
送樣量 |
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貼壁細(xì)胞 |
①倒出培養(yǎng)液，用 1×PBS 清洗一次。 |
至少1×106個細(xì)胞 |
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懸浮細(xì)胞 |
①將懸浮培養(yǎng)細(xì)胞連同培養(yǎng)液一起倒入離心管中，8,000 g 4℃離心2 分鐘，棄上清。 |
至少1×106個細(xì)胞 |
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組織（動物器官類） |
離心管中加1 ml 的 trizol，確保浸沒組織，-80℃保存 |
至少20mg,約小黃豆大小 |
檢測流程：
1. 樣品總RNA提取
2. RNA質(zhì)量檢測，檢測RNA純度及完整度，提供RNA質(zhì)量報告；
3. cDNA合成，使用逆轉(zhuǎn)錄酶，將樣品RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA；
4. 實時定量PCR反應(yīng)；
5. 數(shù)據(jù)分析，計算PCR芯片中的各個Ct值，采用ΔΔCt方法比較基因的表達變化，并利用公司自主開發(fā)的數(shù)據(jù)分析軟件進行比較。
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數(shù)據(jù)圖 |
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火山圖——是在一張圖中利用P值和表達差異值分析做圖，可以非常的直觀且合理地篩選出在兩樣本間發(fā)生差異表達的基因。
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維恩圖——不同的實驗組（集合）之間的基因的相互關(guān)系。
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柱狀圖——能夠直觀的反映不同樣本的基因表達情況的差異。 |
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散點圖——用兩組數(shù)據(jù)構(gòu)成多個坐標(biāo)點，考察坐標(biāo)點的分布，判斷兩變量之間是否存在某種關(guān)聯(lián)或總結(jié)坐標(biāo)點的分布模式。
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熱圖——熱圖是對實驗數(shù)據(jù)分布情況進行分析的直觀可視化方法，可以用來進行實驗數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制和差異數(shù)據(jù)的具像化展示，還可以對數(shù)據(jù)和樣品進行聚類，觀測樣品質(zhì)量。
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基因列表
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7SK |
DAOA-AS1 |
IGF2-AS |
PCAT19 |
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7SL |
DGCR5 |
IPW |
PCGEM1 |
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ASFMR1 |
DISC2 |
KCNQ1DN |
PDZRN3-AS1 |
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ATP6V1G2-DDX39B |
DLEU1 |
KCNQ1OT1 |
PISRT1 |
|
ATXN8OS |
DLEU2 |
LINC00032 |
PRINS |
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BACE1-AS |
DLX6-AS1 |
LINC00162 |
PTCSC1 |
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BCAR4 |
DNM3OS |
LINC00271 |
PVT1 |
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BCYRN1 |
DSCAM-AS1 |
LSAMP-AS3 |
RMST |
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BDNF-AS1 |
EPB41L4A-AS1 |
MALAT1 |
SCAANT1 |
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BOK-AS1 |
ESRG |
MEG3 |
SNHG11 |
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BPESC1 |
FMR4 |
MESTIT1 |
SNHG3 |
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CASC2 |
GAS5 |
MIAT |
SNHG4 |
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CBR3-AS1 |
GDNFOS |
MIR100HG |
SNHG5 |
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CCAT1 |
H19 |
MIR155HG |
SOX2-OT |
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CDKN2B-AS1 |
HAR1A |
MIR17HG |
SPRY4-IT1 |
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CECR3 |
HAR1B |
MKRN3-AS1 |
SRA1 |
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CECR9 |
HIF1A-AS1 |
MYCNOS |
TCL6 |
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CERNA2 |
HOTAIR |
NAMA |
TDRG1 |
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CHL1-AS2 |
HOXA11-AS |
NEAT1 |
TERC |
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CRNDE |
HYMAI |
PCA3 |
TP53COR1 |
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CUDR |
IFNG-AS1 |
PCAT1 |
TRAF3IP2-AS1 |
（更多芯片基因列表可上www.pcrarray.cn查詢）
參考文獻
Zhu J J, Liu Y F, Zhang Y P, et al. VAMP3 and SNAP23 mediate the disturbed flow-induced endothelial microRNA secretion and smooth muscle hyperplasia[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017, 114(31): 8271-8276. (IF9.661)
Zheng H S, Guo W Q, Wu Q L, et al. Electro-peroxone pretreatment for enhanced simulated hospital wastewater treatment and antibiotic resistance genes reduction[J]. Environment international, 2018, 115: 70-78. (IF7.088)
Pu C, Liu H, Ding G, et al. Impact of direct application of biogas slurry and residue in fields: In situ analysis of antibiotic resistance genes from pig manure to fields[J]. Journal of Hazardous Materials, 2018, 344: 441-449.（IF6.065）
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