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食品微生物檢測是指運用微生物學的理論與方法按照嚴格的檢測流程和科學的檢測方法對被檢食品中微生物的種類、數(shù)量、性質等作出判定以判別被檢食品是否符合食用標準的科學依據(jù)。食品微生物檢測是食品安全檢測細分的一個類目，是食品安全的重要組成部份。食品微生物檢測是衡量食品衛(wèi)生質量的重要指標。通過對食品進行微生物檢測可以判斷食品加工環(huán)境及食品衛(wèi)生情況為各項衛(wèi)生管理工作提供科學依據(jù)，從而保障人民的身體健康

近期，出現(xiàn)的三全水餃“病菌門”和蒙牛雪糕微生物超標現(xiàn)象，引起了社會的廣泛關注。微生物檢測實屬食品檢測的重要項目，餐飲業(yè)、加工食品的微生物指標都需要達到標準，否則將危害人類健康。國內外開展微生物的檢測項目的食品種類繁多，我國開展食品微生物檢測的重點食品種類為：奶制品、罐頭食品、調味品、蛋制品、淀粉類制品、發(fā)酵和非發(fā)酵性豆制品、冷冰飲品、糖果、飲用天然礦泉水等，其中食糖以及保健品的微生物檢驗為我國所獨有。

目前，我們國家對于食品微物檢測主要指有菌落總數(shù)、大腸菌群和致病菌三項。我們國家對于食品微生物檢測從采集樣本到出具檢測報告有規(guī)范的操作流程。食品微物檢測需要經(jīng)過樣品采集-樣品送檢-樣品處理-樣品檢驗-結果報告五個流程。對于食品微物檢測方法，不同的檢測項目對應有不同的檢測方法，目前主要有普通培養(yǎng)法（簡稱國標方法）一般出報告的要用，儀器法、核酸檢測法（PCR）、還有目前的快速檢測法（主要包括：免疫磁珠、酶聯(lián)免疫試劑盒、金標檢測卡等。